FlexS

Описание

FlexS прогнозира конформацията и ориентацията на един от лигандите спрямо другия. Във FlexS се приема, че референтният лиганд е твърд, следователно трябва да бъде даден в конформация, която е подобна на свързаното състояние. Алгоритъмът за суперпозиция във FlexS изисква само малка ръчна намеса. Можете да интегрирате тези знания в изчисленията с FlexS, като извършите отделни стъпки ръчно. По този начин FlexS е проектиран за интерактивна работа върху двойки лиганди, както и за базиран на лиганд виртуален скрининг. Двете основни приложения на FlexS са супер позициониране на лиганд (напр. за CoMFA/QSAR) и виртуален скрининг. Ако имате протеин и малка молекула, свързваща се с него (т.нар. референтен лиганд), но нямате структура на протеина, можете да приемете референтната структура като отрицателен пръстов отпечатък на активното място. FlexS определя приликата между тестовата и референтната структура, като ги подравнява. При виртуалния скрининг имате референтен лиганд и набор от съединения и се интересувате от приоритизирането на съединенията за експериментално тестване.