RAPTOR

Описание

RAPTOR е иновативен софтуер, предназначен за точно прогнозиране на структурата на протеина. Той комбинира усъвършенствани инструменти за анализ в едно интегрирано софтуерно решение и предоставя три различни метода за резби. Уникалният подход за оптимизиране на цялостно програмиране на RAPTOR е най-ефективен за намиране на структурни шаблони на цели с хомология с ниска последователност и е в състояние да генерира висококачествени модели. Лесният за използване интерфейс и лесно разбираемите E стойности са идеални за начинаещи и експерти. Преди всичко интуитивният дисплей на изхода позволява на потребителите да разберат резултатите само с един поглед. Като се има предвид целева протеинова последователност, ако има хомоложен протеин с известна 3D структура, той може да бъде намерен с помощта на инструменти за търсене на последователности като PSI-BLAST, също предоставени в RAPTOR. След това структурата на целта се изгражда от известната структура; обаче, когато хомологията на последователността не е значителна, т.е.по-малко от 25%, PSI-BLAST не може да получи уверен удар. За разлика от PSI-BLAST, който просто търси последователност, протеиновата резба, разпознаването на гънките използва както хомология, така и информация за структурата. Той сканира протеиновата последователност с неизвестна структура спрямо база данни с известни структури. Чрез използване на функция за оценяване и провеждане на анализ на съвместимостта между триизмерни структури и линейни протеинови последователности, ще бъде идентифициран най-добрият структурен шаблон, от който да се изгради структурата на последователността. В резултат на това, протеиновата резба дава по-добра прогноза от моделирането на хомология, когато има хомология с пределна последователност.