ZOOM Lite

Описание

ZOOM Lite е софтуер за картографиране и визуализация на данни от следващо поколение. Потребителите въвеждат референтни геноми и Illumina/Solexa кратко чете файлове или цветовото пространство AB SOLiD чете файлове в различни формати, като * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta и т.н. ZOOM извежда резултатите от картографирането на тези кратки чете на референтната последователност. ZOOM Lite има бързо и точно картографиращо ядро, базирано на новопроектирана теория за множество раздалечени семена. Могат да се обработват както четения с един край, така и сдвоени краища с различна дължина от 15bp до 240bp. Допускат се произволен брой несъответствия и едно вмъкване/изтриване с различна дължина между четения и целевия регион в референтната последователност. Резултатите с уникално картографиране или най-добрите (най-горе N) за всяко четене ще се отчитат според минималните несъответствия и дължина на indel. Качествените резултати се използват за подобряване на точността на картографиране. Въз основа на ядрото за картографиране, ZOOM Lite позволява на потребителите да зареждат локални данни за четене и данни за референтна последователност, да избират правилни параметри, да обработват паралелно данни с голям обем между до четири процесора, да наблюдават текущите задачи, да съхраняват резултатите от картографирането, да преглеждат графиките на резултатите от картографирането и резултатите от картографирането във формати * .BED или * .GFF за по-нататъшно проучване с информация за проследяване на браузъра UCSC. Резултатите от картографирането могат да се преглеждат във всякакви желани мащаби, от графика на дълбочината на четене върху цяла хромозома до подробни подравнения на последователността между четенията и референтната последователност. Потребителите лесно се придвижват до интересуващи региони само чрез щракване и плъзгане или превъртане. ZOOM Lite е производно на софтуера ZOOM Studio.